Pod Prezesa Zarządu Spółki (PZ) podlegają następujące komórki organizacyjne:
Pion Operacyjny (PO)
- Dział Obsługi Zarządu (ODZ)
- Dział Kadr (ODK)
- Dział IT (OIT)
- Dział Zamówień Publicznych (OZP)
- Dział Zaopatrzeniowo – Magazynowy (OZM)
- Dział Kontroli (OKW)
- Samodzielne Stanowisko ds. Ochrony i Ratownictwa Technicznego (ORT)
Pion Inwestycji i Technologii (PI)
- Dział Badawczo - Rozwojowy (IBR)
- Dział Inwestycji (IDI)
Pełnomocnik Zarządu ds. Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem (ZPB) wraz z podległym Zespołem ds. Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem (ZZPB)
Samodzielne stanowisko ds. BHP i ppoż. (BHP)
Pod Członka Zarządu Spółki ds. Technicznych (CT) podlegają następujące komórki organizacyjne:
Pion Finansowy (PF)
- Pełnomocnik ds. Finansowych i Kontrolingu (FPF)
- Główny Księgowy (FGK) z podległym Zespołem Finansowo - Księgowym (FFK)
- Dział Planowania, Kontrolingu i Rozliczeń Unijnych (FKR)
Pion Techniczny (PT)
- Dział Techniczny (TDT) z podległym Zespołem Utrzymania Taboru (TUT)
Pod Członka Zarządu Spółki ds. Przewozów i Promocji (CP) podlegają następujące komórki organizacyjne:
Pion Przewozów i Promocji (PP)
- Dział Maszynistów (PDM)
- Dział Szkoleń (PDS)
z podległym Ośrodkiem Szkolenia i Egzaminowania Maszynistów (OSM)
- Dział Kierowników Pociągów (PDK)
- Dział Realizacji Przewozów (PRP)
- Dział Planowania Przewozów i Informacji Pasażerskiej (PPP)
- Dział Marketingi i Promocji (PMP)
- Samodzielne Stanowisko ds. Komunikacji Wewnętrznej (PKW)