Pion Prezesa Zarządu (PZ)

1. Pełnomocnik Zarządu ds. Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem (ZPB) wraz z podległym mu Zespołem Pełnomocnika Zarządu ds. Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem (ZZPB)
2. Zespół Kadrowo-Płacowy (ZKP)
3. Zespół Organizacyjny (ZOZ)
4. Dział Kontroli Wewnętrznej (ZKW)
5. Samodzielne stanowisko ds. BHP i ppoż. (BHP)
6. Rzecznik Prasowy (ZPR)
7. Radca Prawny (ZP)

Pion Członka Zarządu ds. Finansowych (CF)

1. Główny Księgowy (FK) z podległym Zespołem Finansowo-Księgowym (FFK)
2. Zespół Planowania, Kontrolingu i Rozliczeń Funduszy Unijnych (FKR)
3. Zespół Zamówień Publicznych (FZP) 
4. Zespół Zaopatrzeniowo – Magazynowy (FZM)
5. Zespół ds. Informatyki (FI)
6. Samodzielne Stanowisko ds. Komunikacji Społecznej (FKS)

Pion Członka Zarządu ds. Technicznych (CT)

1. Zespół Głównego Technologa (TG)
2. Dział Techniczny (TT) z podległym Zespołem Utrzymania Taboru (TUT)
3. Dział Inwestycji i Utrzymania Obiektów (TIO)

Pion Członka Zarządu ds. Przewozów (CP)

1. Dział Maszynistów (PDM)
2. Zespół Szkoleń (PZS)
3. Ośrodek Szkolenia Maszynistów i Egzaminowania (OSM)
4. Dział Kierowników Pociągów (PDK)
5. Zespół Realizacji Przewozów (PRP)
6. Zespół Planowania Przewozów i Informacji Pasażerskiej (PPP)
7. Samodzielne Stanowisko ds. Ochrony i Ratownictwa Technicznego (PRT)